Se tienen en cuenta una variedad de factores, entre otros:

• Factores ambientales: el aire que respira y el agua que bebe, la  alimentación particular que lleva, la calidad de los alimentos que tiene a su alcance, su nivel de actividad física, su exposición a sustancias tóxicas y los traumas que ha vivido afectan su salud.

• Las conexiones mente-cuerpo: los factores psicológicos, espirituales y sociales pueden repercutir profundamente en la salud. Tener en cuenta estos aspectos permite que el médico de medicina funcional contemple su salud en el contexto total de su persona, no solo en lo que respecta a sus síntomas físicos.

• La configuración genética: si bien ciertos genes podrían aumentar su susceptibilidad de contraer ciertas enfermedades, su ADN no es un prototipo estático de su vida. Las investigaciones recientes indican que todos los factores del entorno, al igual que las propias experiencias, actitudes y creencias de la persona, pueden influir en los genes. Esto significa que es posible modificar el modo en que los genes se activan y se expresan.